（一）基地规模不够大
桃源富硒健康食品生产加工基地面积对比全县总的种植面积来讲所占比例不大，其中富硒稻米、茶叶、油茶种植分别约为10万亩、1.5万亩、12.6万亩，分别只占全县种植面积的5%、15%、28.9%，特别是皇菊、蔬菜、红薯葛粉、蜂蜜、食用菌、食用竹、药材等特色产业基地面积较小。
（二）龙头实力不够强
全县有42家企业、基地参与富硒农产品开发，其中高新技术企业只有了家，年产值亿元以上的企业只有4家，1亿元以下5000万元以上的只有2家，大多数富硒企业普遍存在实力不强、产能偏低、后劲不足、营销不畅、行业牵引力弱等问题，既难以组织扩大再生产、进行产业升级，也难以抵御自然、市场等方面的风险。
（三）管理水平不够高
大部分企业主文化程度不高，没有现代管理的知识、理念。绝大部分企业组织结构不完善，管理人员以家庭成员及近亲为主，严重制约着企业的发展。
（四）产业链条不够紧
产品无法适应市场日益多元化、高质化的需求，其特色产业链短缺，品牌产业链不够长，龙头企业数量不足下游产业发展滞后，有大部分企业还是以生产原材料产品为主，处在初级加工阶段，其技术创新投人不够，精加工、深加工程度不高。
（五）销售渠道不够畅
产品销售渠道层次过多、环节过长，渠道组织过于分散，渠道交易活动传统，缺乏创新。本县营销平台规模偏小、辐射不广、影响力较弱，与外地营销平台联系不够，抱团闯市场的力度不大。
（六）质量监管不够严
质量追溯体系尚未形成，市场监管力度不大，产品质量检验检测停留在样品送检层面。有些企业、基地未按标准化、规范化生产，产品存在硒含量、外包装、 OS 认证等不达标、不合规等问题，市场上存在以次充好、以假乱真等个别现象。
（七）扶持力度不够大
宣硒产业目前尚无上级项目支持，除特色县域经济县项目实施期间，给予业二定奖补支持外，对富硒企业没有出台相应的扶持奖励办法，没有设立企业帮扶解困专项资金，各金融机构也无优惠政策。
(八）宣传氛围不够浓
与湖北省恩施州等国内富硒产业发展前沿地区相比，还存在宣传力度不够广、不够深的问题，没有形成人人知硒、人人讲硒的浓重氛围。
