土壤中的硒通常以硒酸盐、亚硒酸盐或有机态形式被植物根系吸收。硒酸盐同硫酸盐一样，通过植物根部相同的吸收位置被根系吸收，并且这两种离子在吸附和吸收过程中会发生激烈竞争，硫酸盐可以通过竞争作用影响硒酸盐的吸收。与硒酸盐的吸收不同，植物对于亚硒酸盐的吸收机制研究较少且对亚硒酸盐的吸收机制还不明确。另外，植物对不同形态硒的吸收机制有显著差异，植物吸收的硒从根部向地上部的转移与运输能力也主要取决干硒的形态。植物吸收的硒酸盐很容易通过木质部从根部转移到地上部，且硒酸扑在输送过程中不会发生形态转化，然后在叶绿体中通过酶的催化作用还原为亚硒酸盐，再进一步还原为其他形态的硒，最后再分配到植物的其他组织中；而当亚硒酸盐被植物根系吸收后，能够很快地在根系中通过硫的代谢途径转化为其他形态的硒，亚硒酸盐和其代谢产物主要累积在根部，只有极少一部分转移到植物地上部。
硒被植物吸收后，在植物体中主要通过硫的代谢途径转化为各种形态的硒。硒在植物体内能以多种化合物的形式存在，主要是硒酸盐（ Selenate )、 L ﹣硒代蛋氨酸( L - SeMet )、 L ﹣硒代胱氨酸（ L -SeCys2)、含硒蛋白、 L ﹣硒﹣甲基硒代半胱氨酸( L - SeMeCys ）和 Y ﹣谷氨酰基﹣硒﹣甲基硒代半胱氨酸（ Y - glutanyl - Se - methyl - selenocystein , Y - Glu - MeSeCys )。不同形态硒的生物利用率和生物功能不同，有机硒的生物有效性要高于无机硒。 L - SeMet 是一种生物利用率高的含硒化合物，被认为是最佳硒补充剂，而 L - SeMeCys 被认为是植物中存在的具有抗肿瘤效应的含硒化合物。
同时，不同作物种类对硒的吸收、积累和转运能力不同，处于同一土壤环境和自然条件下的不同作物硒的含量也存在差异。研究发现，十字花科、百合科和豆科作物对硒的耐受程度比菊科和禾本科作物强；不同蔬菜对硒的吸收能力依次为大蒜＞马铃薯＞萝ト＞甜菜。聚硒作物中，硒大部分以硒代氨基酸形式被结合。如黑牧草、小麦和苜蓿中都有含硒氨基酸的存在。而聚硒作物可在高浓度硒的土壤中生长，高效地吸收硒合成各种各样的含硒氨基酸。因此，在缺硒地区根据作物种类进行合理富硒作物品种的选择，对缺硒地区高效补硒具有重要意义。
