一般来说，如果按照富硒农产品中的硒的来源区分，富硒农业可分为天然富硒农业与外源生物强化富硒农业；如果按照富硒农业所属的农业范畴区分，富硒农业可分为富硒种植业、富晒养殖业和富晒农产品加工业。
天然富硒农业是利用富硒地区丰富的硒资源自然生长富硒农产品。我国拥有湖北恩施、陕西安康、江西丰城等少数几个高硒区，研究发现土壤中硒含量与其上生长的植物硒含量有良好的相关性，因此可以充分利用高硒地区天然的土壤优势生产多种富硒农产品，如陕西紫阳的富硒茶叶、富硒柑橘、富硒菇、富硒果醋和富硒药材等；湖北恩施的富硒玉米、富硒小麦、富硒黄豆、富硒高粱、富硒甘薯、富硒烟叶和富硒茶叶等；江西丰城的富硒大米、富硒鸡蛋、富硒鸭、富硒竹笋等。
外源硒生物强化富硒农业是指在土壤中天然硒资源无法满足富硒农产品硒含量标准要求条件下，通过外源硒生物强化，通过生物转换，使富晒农产品硒含量达到相关标准要求的农业生产。外源生物强化富硒农业的方法包括微生物富集法、动物转化法以及植物转化法。
种植业是以土地为重要生产资料，利用绿色植物的光合作用把自然界中的二氧化碳、水和矿物质合成有机物质，同时，把太阳能转化为化学能贮藏在有机物质中。富硒种植业就是自然环境中的硒在农作物（绿色植物）的生长过程中通过植物的生物转化作用转化为以硒氨基酸、硒蛋白等有机硒为主的硒形态，从而生产富硒农产品的过程。富硒种植业生产的主要产品包括富硒粮食、富硒蔬菜及富硒水果等。
富硒养殖业主要包括富硒猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅和免等家禽家畜及水产等的饲养，富硒养殖就是通过饲喂富硒饲料而使各种畜禽产品等达到富硒标准的要求，富硒饲料可以是天然富硒区生产的富含硒的植物性饲料，也可以是通过外源生物强化技术生产的富含硒的饲料。通过富硒养殖生产出来的富硒产品主要包括富硒肉类、富硒蛋类及富硒奶类等。
随着富硒农产品总量增加、品种丰富和消费升级，富硒粮食、富硒蔬菜、富硒水果及富硒畜禽产品等逐渐向加工方向发展。富硒农产品加工具有较高的技术要求，主要包括富硒作物及动物原料标难控制、加工处理技术、淞加剂和助剂、贮藏及终产品质量控制规范等。
